2016 yılında bütçe açığını gizlemek suçlamasıyla görevden alınan Rousseff'in yerine 28 ay boyunca Devlet Başkanı olarak görev yapan Temer, Brezilya basınına önemli açıklamalarda bulundu. O günkü soruşturma ve görevden alma süreçlerine atıfta bulunan Temer, "Dilma Rousseff'in görevden alınması darbeydi. Hiç bir zaman darbeyi desteklemedim veya darbeye kalkışmadım." ifadesini kullandı. Temer, bir gazetenin eski Başkan Luiz Inácio Lula da Silva'nın zamanında kendisiyle yaptığı bir telefon görüşmesini tespit ettiğini ifade ederek şöyle konuştu: "Başkan Lula görevden almayı önlemek için Brezilya Demokratik Hareket Partisi'ni getireceğini iddia etti ve ben de denedim. Ancak o anda halk hareketi o kadar yoğundu ki siyasi partilerin görevden alma fikrine aşağı yukarı bağlanmış olduklarını itiraf ediyorum. Ancak, eski Başkan Lula’nın yaptığı bu telefon görüşmesi tam ve kesin olarak benim darbenin taraftarı olmadığımı ortaya koyuyor." Temer'in açıklamaları sonrasında sosyal medya üzerinden açıklama yapan Brezilya Eski Devlet Başkanı Rousseff, "Hükümet darbesine maruz kaldığımı itiraf etti." yorumunu yaptı. Temer'in darbeye doğrudan katıldığını reddettiğini belirten Rousseff, "En yakın iki asistanı Moreira Franco ve Elisha Padilha'dan ise bahsetmedi." değerlendirmesini yaptı. Franco ve Padilha, Temer ile birlikte suç örgütü kurmak ve adaletin engellenmesi suçlarından dolayı federal mahkemede halen sanık olarak yargılanıyor. Bu iki isim ayrıca, Federal Savcılık Ofisi tarafından, kamu idare organlarını kullanarak çıkar sağlamak için Temsilciler Meclisi'ndeki bir yolsuzluk şebekesine katılmakla suçlanıyor. Yolsuzluk, kara para aklama ve zimmete para geçirmekle suçlanan Temer, 2019 yılının mart ve mayıs aylarında yolsuzluk soruşturmalarıyla ilgili iki kere tutuklanmış, ancak Yüksek Mahkeme tarafından tutuksuz yargılanmak üzere serbest bırakılmıştı. Yardımcısı olduğu Rousseff'in görevden alınmasına destek veren Temer, mevcut Brezilya Devlet Başkanı Jair Bolsonaro'ya görevi teslim edene kadar 28 ay devlet başkanlığı görevini yürütmüştü. Rousseff 2014 yılında ikinci kez devlet başkanlığını kazandığı seçimler öncesinde, bütçe açığını gizlemek amacıyla mali kuralları ihlal etmekle suçlanarak 12 Mayıs 2016'da Brezilya Senatosu'nda yapılan oylama ile önce 180 gün süre ile görevinden alınmış, 31 Ağustos 2016 tarihinde yapılan oylama ile ise görevinden azledilmişti.