İstanbul Üniversitesi'ni geçiş yaptığı zamanlarda, geçiş yapılan üniversitenin tanınmadığı ortaya çıkınca Ekrem İmamoğlu'nun İstanbul Üniversitesi İşletme Fakültesi diploması İstanbul Üniversitesi Yönetim Kurulu tarafından iptal edilmiş, İmamoğlu da YÖK kararına karşı İstanbul 5. İdare Mahkemesi'ne dava açmıştı. Yapılan yargılama sonrasında İmamoğlu'nun üniversite geçişinde sistematik usulsüzlükler bulunduğu belirtilerek iptal kararı yerinde bulundu. 14 sayfalık gerekçeli karar Sabah'ta yayınlandı. Halil Turan'ın haberinde şunlar yer aldı:

- Mahkeme kararında en kritik tespitlerden biri, İmamoğlu'nun yatay geçiş yaptığı Girne Amerikan Üniversitesi'nin (GAÜ) 1990 yılında Yükseköğretim Kurulu (YÖK) tarafından tanınmıyor olması oldu. Dosya kapsamındaki resmi yazışmalara göre, 1990'lı yıllarda KKTC'de yalnızca Doğu Akdeniz Üniversitesi tanınıyordu. GAÜ'nün tanınırlığı 1993 yılında kabul edildi. 1991–1992 yıllarında YÖK tarafından verilen yazılı cevaplarda, GAÜ diplomalarının denkliğinin kabul edilmediği açıkça belirtildi. Mahkeme, tanınırlığın yatay geçişte aranan eşdeğerlik şartının ayrılmaz bir parçası olduğunu belirterek, tanınmayan bir üniversiteden yapılan geçişin hukuken mümkün olmadığına hükmetti.
- Kararda, yatay geçiş sürecindeki kontenjan işlemleri "sehven yapılan hata" olarak değil, bilinçli ve planlı uygulamalar olarak nitelendirildi. Buna göre: Fakülte Yönetim Kurulu'nun 27.06.1990 tarihli kararıyla ilan edilen kontenjanlar, yeni bir ilan yapılmaksızın, 12.09.1990 tarihli kararla değiştirildi. İngilizce İşletme bölümünde 3. ve 4. sınıflar için ayrılan kontenjanlar sıfırlanarak tamamı 2. sınıfa aktarıldı. Toplam kontenjan sayısı, hangi makam tarafından artırıldığı belli olmaksızın 55'ten 80'e çıkarıldı. Mahkeme, ilan edilen kontenjanlara bağlı kalınmasının hukuken zorunlu olduğunu vurguladı.
- Yürürlükteki yönetmeliğe göre, yurt dışındaki üniversitelerden yapılacak yatay geçişlerde, ayrılan kontenjanın en fazla üçte biri yabancı üniversitelere ayrılabiliyordu. Ancak somut olayda, İngilizce İşletme 2. sınıf için 3 kişilik yurt dışı kontenjanı olması gerekirken, 48 öğrenci kabul edildi. Mahkeme, bu durumu "açık, bariz ve ölçüsüz mevzuat ihlali" olarak değerlendirdi.
- Mahkeme, yatay geçişlerde zorunlu olan başarı sıralamasının hiç yapılmadığını tespit etti. İdare tarafından sunulan bilgilere göre, İmamoğlu'nun not ortalaması 2,50, aynı dönemde geçiş yapan bazı öğrencilerin not ortalamaları 2,75 ile 3,54 arasındaydı. Mahkeme, başarı sıralaması yapılsaydı dahi İmamoğlu'nun kontenjan dışında kalacağını belirtti.
- İstanbul Üniversitesi bünyesinde kurulan İnceleme Komisyonu raporunda, öğrenci kütük defterlerine ilişkin çarpıcı bir tespit de yer aldı. GAÜ tanınmadığı için İmamoğlu ve diğer 8 öğrencinin kütük defterine, gerçekte gelmedikleri halde "Doğu Akdeniz Üniversitesi'nden geçiş" yapmış gibi kayıt düşüldüğü belirlendi. Mahkeme, bu kaydın basit bir hata değil, gerçeğe aykırı ve bilinçli bir işlem olduğu kanaatine vardı.
- Mahkeme, davacının iyi niyet iddialarını da reddetti. Kararda GAÜ kurucusu Özalp Tozan'ın, üniversitenin o dönemde denkliğinin olmadığını herkesin bildiğine dair ifadesi, davacının referanslarında bu ismin yer alması, yatay geçiş sonrasında dahi idarenin uyarılmaması, hususları birlikte değerlendirildi. Mahkeme, "bu denli ağır ve açık hukuka aykırılıkların davacı tarafından bilinmemesinin hayatın olağan akışına aykırı olduğu" sonucuna vardı.
- Mahkeme, Danıştay İçtihatları Birleştirme Kurulu kararlarına atıf yaparak, açık hataya dayanan idari işlemlerin süreye bağlı olmaksızın her zaman geri alınabileceğini belirtti. Bu kapsamda yatay geçiş işlemi, bu işleme dayalı mezuniyet ve diploma iptali hukuka uygun bulundu.