Ulaştırma ve Altyapı Bakanlığından yapılan açıklamada, bazı basın yayın kuruluşlarında yer alan "Marmaray'da kullanılmak üzere alınan tren setlerinin, kullanılmayarak kaderine terk edildiği" şeklindeki iddiaların gerçeği yansıtmadığı belirtildi. Açıklamada, Marmaray'a, işletilmek üzere gelecekteki hedef yolcu sayıları ve yedek araç gereksinimi hesapları göz önüne alınarak Altyapı Yatırımları Genel Müdürlüğü (AYGM) tarafından toplam 400 araçlık 54 adet tren seti temin edildiği aktarıldı. Söz konusu setlerden, 20 adet 5 vagonlu tren setinin, projenin 13,6 kilometrelik Kazlıçeşme-Ayrılık Çeşmesi kesiminin 29 Ekim 2013'te işletmeye açılmasıyla günde 333 sefer yaptığı vurgulanan açıklamada, 24 adet 10 vagonlu ve 19 adet 5 vagonlu tren setinin ise 12 Mart 2019'da, Gebze-Halkalı arasında 77 kilometrelik hattın tamamının işletmeye açılmasıyla günde 286 sefer yaparak her gün ortalama 350-400 bin yolcu taşıdığı bildirildi. Buna göre Marmaray için temin edilen toplam 54 setin 43'ünün her gün hizmet verdiğinin altı çizilen açıklamada, geriye kalan toplam 9 setin bir kısmının ise yedek kullanıldığı, bir kısmının ise yolcu sayısındaki artışa göre işletmeye alınmayı beklediği belirtildi. Halen raylara indirilmemiş 2 setin testlerinin devam ettiği ve bu testlerin tamamlanmasının ardından hizmete alınacağı bildirilen açıklamada, şunlar kaydedildi: "Dolayısıyla haberde yer aldığı gibi Marmaray için alınan tren setlerinin hizmete alınmaması ya da ray makas sistemine uygun olmadığı için kullanılmaması gibi bir durum söz konusu değildir. 478 milyon avro israf edilmiş iddiaları asılsızdır. Söz konusu setler Gebze-Halkalı arasında her gün ortalama 350 bin İstanbulluya hizmet vermektedir. Ulaştırma ve Altyapı Bakanı Mehmet Cahit Turhan imzasıyla cevap verilen soru önergesinde de bu şekilde izah edilmiş olmasına rağmen, sanki bu setler depolarda çürümeye terk edilmiş gibi bir algı oluşturulmak istenmiştir."