İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığınca, emniyet ve yargı kurumlarının içine sızan FETÖ'cülerin, çözüm sürecinde yürütülen politikalardan dolayı MİT'i terör örgütü PKK/KCK ile ilişki içindeymiş gibi göstererek 7 Şubat 2012'de MİT Başkanı Hakan Fidan'ın da aralarında bulunduğu bazı görevlileri ifadeye çağırma ve yakalama kararı çıkarma şeklinde kurguladıkları kumpasa ilişkin soruşturma sonucunda hazırlanan iddianame kabul edildi. İlk duruşmanın 22 Haziran'da yapılmasına karar verildi. İstanbul 23. Ağır Ceza Mahkemesi, 14'ü tutuklu 15'i firari 34 sanıklı iddianamenin üzerindeki inceleme işlemlerini tamamladı. İddianamenin kabulüne karar veren mahkeme heyeti, ilk duruşmanın 22 Haziran'da Silivri'de yapılmasına ve 3 Temmuz'a kadar sürdürülmesine karar verdi. Heyet, sanıklar Yurt Atayün, Faik Şaşmaz, Aykut Güçlü, Kazım Aksoy, Erol Demirhan, Fazıl Adnan İzgi, Mehmet Deveci, Veli Tuluy, Nuh Mehmet Damgacı, Ayhan Albayrak, Ali Fuat Yılmazer, Oğuzhan Ceylan, Mustafa Gökkılıç ve Erkan Ünal'ın tutukluluk halinin devamına, başka suçtan tutuklu 5 sanığa duruşma günün bildirilmesine hükmetti. Hakkında yakalama kararı bulunan örgüt elebaşısı Fetullah Gülen, olay tarihinde örgütün yargı imamı olan İlyas Şahin, emniyet imamı Çetin Özgür, "MİT mahrem hizmetler imamı" Murat Karabulut, "Marmara bölge imamı" olan Ali Rıza Tekinkaya, dönemin İstanbul Terörle Mücadele Şube Müdür Yardımcısı Serdar Bayraktutan, "emniyet mahrem imamları" Murat Tokay, Bekir Kalağası, Hüseyin Civan, Muhammet Bekar, Ramazan Yılmaz, MİT mahrem imamlarından Sunay Elmas, "Türkiye polis memurları ülke imamı" olan Kamil Bayram ve eski komiser Hüseyin Özkan ve avukat Murat Karkın tutuklamaya yönelik kararı çıkarılmasına karar veren heyet, tutuksuz 5 sanık hakkında, adli kontrol hükümleri kapsamında yurt dışına çıkış yasağı konulmasını kararlaştırdı. İddianame ekinde yer alan belgelerin milli savunmaya ve milli güvenliğe ilişkin devlet sırrı olabilecek nitelikte belgeler olma ihtimali bulunduğundan devlet sırrı sayılmasına karar veren heyet, bu evrakların incelenmesinin ve belgelerden örnek alınmasının mahkeme heyeti haricinde kalan kişiler yönünden yasaklanmasına hükmetti. Heyet, Milli İstihbarat Teşkilatı Başkanlığına müşteki sıfatıyla davetiye tebliğine oy birliğiyle karar verdi. İstanbul Cumhuriyet Başsavcılığınca hazırlanan iddianamede, aralarında örgütün elebaşı Fetullah Gülen, sözde yargı, emniyet ve MİT imamları, eski emniyet müdürleri ve gazetecinin bulunduğu 34 şüphelinin "Türkiye Cumhuriyeti hükümetini ortadan kaldırmaya veya görevini yapmasını engellemeye teşebbüs etme", "silahlı terör örgütü kurma ve yönetme" veya "silahlı terör örgütüne üye olma", "devletin gizli kalması gereken bilgilerini siyasal veya askeri casusluk amacıyla temin etme", "gizliliğin ihlali" ve "nitelikli resmi belgede sahtecilik" suçlarından birer kez ağırlaştırılmış müebbet ve 26 yıl ile 53 yıl arasında hapis cezalarına çarptırılmaları talep edilmişti.