Alınan bilgiye göre, Fatih Sultan Mehmet İstanbul'u fetih ettikten sonra ilk iş olarak Ayasofya'yı camiye çevirdi ve Ayasofya'nın kuzeybatısında yer alan papaz odaları olarak adlandırılan yapıyı da medrese olarak hizmete açtı. Zaman içinde medrese işlevini sürdüren yapı hemen her dönemde bakım ve onarım çalışmalarından geçti. Sultan Abdülaziz döneminde 1869-1874 yılları arasında yıktırılan ve eski medrese temelleri üzerine yeniden inşa edilen yeni medrese binası, Ayasofya'dan geriye çekilerek batı cephesinin hizasında hazırlanan projelere göre yapıldı. Son Ayasofya Medresesi, Daru'l-Hilafetü'l-Aliye Medresesi olarak kullanılırken, 1924'de, İstanbul Belediyesi tarafından Öksüzler Yurdu olarak değerlendirildi. 1934 yılında Ayasofya Müze olduğunda medrese bir süre daha Öksüzler Yurdu olarak kullanıldı. 1936 yılında harap olması ve kullanıma müsait olmaması sebebiyle yıktırıldı. İlk etap çalışmalar 2017'de başladı Rekonstrüksiyon sürecinde Kültür Varlıklarını Koruma Bölge Kurulu'nun 19 Aralık 2012 tarih ve 1069 sayılı kararı ile restitüsyon ve rekonstrüksiyon projeleri uygun bulundu. İstanbul Rölöve Anıtlar Müdürlüğünce 11 Aralık 2017'de Ayasofya Medresesi ilk etap işine başlandı. 31 Aralık 2019'da işin tasfiyesi yapıldı. Vakıflar Genel Müdürlüğü tarafından yapılan ihale sonucu geçen yıl 25 Nisan'da Ayasofya Medresesi tamamlama işi yer teslimi gerçekleştirildi. Ayasofya Fatih Medresesi, Vakıflar Genel Müdürlüğünün tekrar inşası ile günümüze kazandırıldı. Ayasofya Fatih Medresesi Fatih Sultan Mehmet Vakıf Üniversitesine Ayasofya Yerleşkesi olarak özüne uygun şekilde kullanılmak üzere tahsis edildi. Medresede, Ayasofya Araştırmaları Merkezi, Fatih Sultan Mehmet ve Dönemi Araştırma Merkezi, İslam Sanatları Uygulama ve Araştırma Merkezi, İslam Hukuku Araştırma Merkezi, Yazma Eserler Uygulama ve Araştırma Merkezi, Vakıf Araştırmaları Merkezi, Evliya Çelebi Çalışmaları Araştırma Merkezi, Görsel İletişim ve Tasarım Uygulama ve Araştırma Merkezi yer alacak. Medresenin mimari özellikleri Mevcut temel duvarlarının onarımları yapıldıktan sonra yapı bu duvarların üzerine oturtuldu. Duvar örgüsü ahşap hatıllar ve demir gergi sistemi ile güçlendirildi. Caferiye Sokak'a bakan ön cepheye taş kaplama yapıldı. Toplam oda sayısı 42 iken, onaylı proje ile işlevsel değişikliklerden dolayı birleştirilen mahaller oldu ve oda sayısı 38'e düşürüldü. 1473 metrekare alanda 1300 metrekare kapalı olanı bulunan medresenin birinci avlusunun büyüklüğü 155 metrekare, ikinci avlusunun büyüklüğü 230 metrekare, arka avlusu 115 metrekareden oluşuyor. Avlularda çelik konstrüksiyon üzeri ahşap deck yapılarak yürüme alanları oluşturuldu. Birinci avluda sarnıç kalıntıları korunarak üzerine deck yapıldı. İkinci avluda bulunan kalıntılar, çevresinden gezilerek sergilenecek şekilde açıkta bırakıldı. Z-02 mahallinde bulunan özgün taş döşeme korunarak çevresine ahşap döşeme yapıldı. Avlularda revak altları terracotta taban tuğlası ile kaplandı. Soğukçeşme Sokak cephesine bakan mahallerde terracotta taban tuğla ile döşeme yapıldı. Kapı ve pencereler, oda tavan kaplamaları ve döşemeleri ile revak kaplamalarında birinci sınıf çam kereste kullanıldı.