Murat Şahin, Futbolculuk kariyerine İstanbul'da Göztepe Hilal Spor'da amatör olarak başladı ve 17 yaşında Fenerbahçe'ye transfer oldu. Burada profesyonel futbola adım atan Şahin, Fenerbahçe'nin altyapısında yetişerek, 1995 yılında Vanspor maçında A takıma yükseldi.
Fenerbahçe Altyapısı
Fenerbahçe'de uzun yıllar yedek kaleci olarak görev yapan Murat Şahin, Engin İpekoğlu ve Rüştü Reçber gibi önemli isimlerin arkasında kaldı. 1998-1999 sezonunda Atatürk Kupası ve Beşiktaş maçlarında kaleyi koruyarak, kulüp tarihindeki yerini sağlamlaştırdı.
Kiralık Forma Giydiği Takımlar
2000 yılında Fenerbahçe'den Konyaspor'a kiralanan Murat Şahin, burada 2. Lig'de dikkat çeken bir performans sergiledi. Ardından Diyarbakırspor'a kiralandı ve burada da başarılı bir sezon geçirdi. Diyarbakırspor ile Süper Lig'e yükselme başarısı yakalayan Şahin, Adanaspor'da da önemli başarılar elde etti. Süper Lig'e bir kez daha adım atan Şahin, takımını başarılı bir şekilde yönetti.
Beşiktaş Transferi
2004-2005 sezonunda Beşiktaş’a transfer olan Murat Şahin, teknik direktör Vicente del Bosque'nin tercihleriyle dikkat çekti. Şahin, özellikle 2006-2007 sezonunda gösterdiği özverili performansla öne çıktı. Beşiktaş’ın Antalyaspor ile oynadığı kritik maçta sakatlıkla mücadele ederek takımının galibiyetine katkı sağladı. Bu özverili performansı sonrasında Beşiktaş yönetimi, sözleşmesini uzatarak onu ödüllendirdi.
Gaziantepspor'da Sakatlık Nedeniyle Sözleşmesi Feshedildi
2008 yılında Gaziantepspor’a kiralanan Murat Şahin, burada da başarılı performans sergileyerek takımın önemli kalecilerinden biri oldu. Ancak, 2009 yılında yaşadığı sakatlık nedeniyle Gaziantepspor ile sözleşmesini karşılıklı olarak feshetti.
Kasımpaşa Dönemi
2010 yılının başında Süper Lig ekibi Kasımpaşa'nın kalesine geçti. 2010-11 sezonunda daha az forma şansı buldu. Takım sezon sonunda küme düştü. Murat Şahin'in sözleşmesiyse uzatılmadı.
